蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征分析

摘要

[目的]对蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征进行分析,为开发新的分子标记及探明各类性状的遗传机制研究奠定基础.[方法]以蒙农红豆草突变群体中浅色花瓣和紫红色花瓣(对照)为试验材料,通过Illumina HiSeqTM 2000对其进行高通量测序和组装,利用MISA软件对其所有Unigene进行SSR搜索,并对SSR分布及其序列特征进行分析.[结果]在蒙农红豆草转录组数据中共获得53009条Unigene,其中6202条Unigene上分布了8175个SSR位点,每5.86 kb就有1个SSR位点;重复基元数量以三核苷酸为主(49.13％),二核苷酸次之(22.07％);在284种重复基元中以AG/CT类型最高(16.16％),其次为AAG/CTT(14.30％);三核苷酸基元重复次数种类最多(11种),二核苷酸次之(10种).随着基元重复次数的增加,核苷酸数量减少.蒙农红豆草SSR长度为12～441 bp,主要集中在12～24 bp,其中具有高度多态性潜能的SSR(长度≥20 bp)有3130条(38.29％).[结论]蒙农红豆草SSR位点出现频率高、基元类型丰富、分布密度大、多态性潜能高,在红豆草基因定位和分子标记辅助育种等方面具有较大的应用价值.