基于全长转录组测序的金乌贼微卫星位点筛选与特征分析

摘要

以金乌贼(Sepia esculenta)转录组测序获得的177,951条Unigene为对象,采用Micro Satellite(MISA)软件检测及分析其中的简单重复序列(Simple sequence repeat, SSR)的位点信息.结果 显示,在金乌贼转录组中共检测出161,327个SSR位点,分布在64,933条Unigene中,SSR位点发生频率为36.49％,出现频率为90.66％.其中,最主要的重复类型为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR总数的46.00％、39.93％和9.48％.SSR包含的重复基元中,A/T是单核苷酸的优势重复基元,AT/AT和AC/GT是二核苷酸的优势重复基元类型.66,004个重复基元长度≥20 bp,占SSR总数的40.91％,且其中含有低级重复基元(二、三核苷酸重复)的SSR位点数量占优.以上结果表明,金乌贼转录组中SSR位点出现频率较高且类型丰富、多态性潜能较高,研究结果可为更好地开发金乌贼SSR分子标记、种质资源保护利用、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等提供参考.