基于整合组学探讨细胞周期相关基因在高级别浆液性卵巢癌发生发展中的作用

摘要

目的从拷贝数异常(copy number variations,CNVs)的角度出发,探讨细胞周期相关基因在高级别浆液性卵巢癌(high-grade serous ovarian cancer,HGSOC)发生及发展中的作用。方法从GEO、TCGA、GO、KEGG、REACTOME、BIOCARTA等数据库中筛选出HGSOC患者的CNVs及差异表达基因(differentially expressed genes,DEG),将这些基因与细胞周期相关基因进行整合,对这些被整合的基因进行相关预后分析。结果整合3213个与HGSOC细胞周期相关的基因、2046个CNVs基因和1777个DEG,确定36个与HGSOC细胞周期相关、同时发生CNVs和差异表达的共突变基因,这些共突变基因均来自拷贝数扩增组。基因关联性分析发现:MECOM和PRKCI、PRKCI和ECT2的共表达概率较大,分别约为32.5%、30.1%。结合生存曲线发现:ECT2、RAD51AP1、YWHAZ、RAD21、SMC4、TFB2M等6个基因与HGSOC的无进展生存率(progression-free survival,PFS)和总体生存率(overall survival,OS)显著相关(HR>1,P<0.05),这些基因高表达的HGSOC患者其PFS及OS大幅下降(P<0.05)。结论HGSOC的发生其原因可能是因为拷贝数扩增导致DEG的上调,从而影响细胞周期;MECOM、PRKCI、ECT2可能共用了某条信号通路,而在该通路的作用下可加速HGSOC的发生发展;ECT2、RAD51AP1、YWHAZ、RAD21、SMC4、TFB2M作为HGSOC不良生存预后基因,在该疾病发生发展中起着重要的作用,可作为HGSOC药物治疗的潜在靶点。