应用生物信息学筛选前列腺癌潜在生物标志物

摘要

目的 运用生物信息学方法筛选前列腺癌潜在生物标志物.方法 从GEO数据库上下载编号为GSE55945的基因芯片数据集,使用R软件获取差异表达基因,然后通过蛋白互作网络等筛选出枢纽基因并进行初步验证.结果 通过差异基因筛选,得到差异表达基因462个,其中上调基因114个,下调基因348个.基因本体功能富集分析显示差异表达基因主要参与肌肉系统、系统生物过程调节、循环系统等生物过程;京都基因与基因组百科全书通路富集分析显示这些差异表达基因主要涉及粘着斑、蛋白聚糖、cAMP信号通路及钙离子信号通路等通路.通过蛋白互作网络筛选出6个备选枢纽基因,基于TCGA对枢纽基因进一步筛选,最终筛选得到3个枢纽基因:VCL、RND3、RRAS.ROC曲线结果显示枢纽基因能够区分前列腺癌及正常组织(AUC＞0.7,P＜0.001).结论 通过生物信息筛选的得到的枢纽基因可能为前列腺癌进一步研究提供线索,可能成为前列腺癌早期诊断标志物及治疗靶标.