胰腺癌差异表达基因的筛选及其预后价值:生物信息学分析

摘要

目的:基于生物信息学方法通过大样本挖掘胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)发生发展的关键基因。从公开生物数据库中挖掘PDAC的关键基因,探讨其在PDAC中的表达情况和预后价值,为PDAC的诊断和靶向治疗奠定理论基础。方法:从基因表达汇编(Gene Expression Omnibus,GEO)和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库分别下载基因芯片数据GSE16515、GSE28735,GSE62452和TCGA-GTEx,通过R语言计算差异基因,寻找共同差异基因,并且GO富集分析和KEGG通路分析,构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,筛选关键基因,最后验证关键基因在PDAC中的表达情况以及与PDAC预后的关系。结果:总共鉴定了219个DEGs,其中139个表达上调,80个表达下调。最终筛选出10个PDAC关键基因,其中FN1、POSTN、VCAN、MMP1、EGF和ALB与PDAC不良预后显著相关(P<0.05),进一步发现VCAN联合ALB、MMP1和POSTN具有更高预测PDAC生存预后的价值。结论:通过公开生物数据库挖掘出的与PDAC预后显著相关的5个关键基因,为PDAC发病机制、临床诊断和治疗靶点的研究提供理论依据。