美洲水貂DQA基因全长cDNA克隆及其生物信息学分析

摘要

参考NCBIGenBank中上传的雪貂、海獭DQA基因序列设计出RT-PCR扩增引物,克隆了美洲水貂DQA基因全长cDNA序列;利用生物信息学软件构建了 DQA基因系统进化树,预测了 DQA蛋白结构与功能.结果表明:DQA基因全长cDNA序列大小为1 147 bp,ORF序列为768 bp,编码255个氨基酸,存在23个氨基酸的信号肽序列;DQA蛋白第236位氨基酸疏水性最强,53位氨基酸亲水性最强,218～240氨基酸可能为跨膜区域;蛋白质二级结构存在3个α-螺旋区和14个β-折叠区,处于无规则卷曲状态.获得了一个DQA蛋白三级结构模型,覆盖范围为25～208氨基酸;系统进化树表明,美洲水貂与欧洲雪貂亲缘关系最近,与家马关系最远.该研究结果为进一步阐明水貂DQA基因和蛋白的结构与功能提供了一定数据基础.