磁珠富集法构建播娘蒿SSR文库及特性分析

摘要

为构建播娘蒿SSR文库,通过Dynal磁珠富集法富集生物素标记的(AC)8,(AG)8和(ATG)12探针与播娘蒿基因组的酶切片段杂交的片段,捕获含有SSR位点的DNA序列,连接到pMD 18-T载体上,并转入感受态细胞DH 5α,共获得778个克隆.挑选阳性克隆,利用SuperSNX 24-F引物对菌液克隆进行PCR检测.利用M13F,M13R载体引物和探针结合的方法对文库进行2次筛选,获得93个长度为400～1 000 bp的克隆并测序.结果表明,82条序列含有SSR位点,占测序条数的88.17％.共有SSR位点数127个.其中完全型SSR位点102个,不完全型SSR位点10个,混合型SSR位点15个,分别占SSR位点总数的80.31％,7.87％,11.81％.SSR重复基元中,以二核苷酸(CT)n,(AC)n,(GT)n,三核苷酸(GAT)n最为常见,得率分别为20.47％,26.77％,21.26％和15.75％.