基于MiSeq技术的枯草期放牧蒙古羊瘤胃细菌多样性分析

摘要

为了阐明枯草季节牧草对放牧蒙古羊瘤胃生理功能的影响,明确放牧蒙古羊瘤胃消化的限制性因素,随机选取终年放牧的6只蒙古羊,在枯草期通过口腔采取蒙古羊瘤胃液,利用MiSeq高通量测序技术分析了瘤胃细菌种群的结构和多样性.结果表明,共得到了2774个操作分类单元(Operational taxonomic unit,OTU),平均每个样品OTU为462.30.放牧蒙古羊瘤胃细菌共有13个门、24个纲、30个目、59个科、85个属被鉴定.在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes,58.59％)、拟杆菌门(Bacteroidetes,18.18％)为放牧蒙古羊瘤胃中的优势细菌种群;在科水平上,主要包括瘤胃菌科(Ruminococcaceae,15.43％)、 毛螺菌科(Lachnospiraceae,14.86％)和克里斯蒂娜科(Chris-tensenellaceae,11.90％);在属水平上,普雷沃氏菌属(Prevotella,2.89％)和Candidatus sacchari-monas(2.89％)是放牧蒙古羊瘤胃中的优势种群.说明冬春季枯草期放牧蒙古羊瘤胃细菌表现出典型的纤维消化菌群特征,因此,为瘤胃菌科和毛螺菌科提供营养,能够有效改善蒙古羊瘤胃的发酵功能,提高其对牧草的消化率.