巨噬细胞与单核细胞黏附调控相关差异表达基因的分析

摘要

目的:通过筛选单核细胞(Mo)与巨噬细胞(Mφ)两个发育阶段黏附相关基因的表达差异,分析Mo分化成Mφ的过程中黏附相关基因的表达变化,为进一步研究Mo分化成Mφ过程中黏附特性变化的机制提供前期基础.方法:从NCBI基因表达数据库(GEO)中获得Mo和Mφ基因芯片数据(芯片编号:GSE11430),利用其内置的在线分析工具GEO2R筛选获得差异表达基因(DEGenes);STRING online数据库筛选可信度≥0.4的差异表达基因;Cytoscape软件中“MCODE”插件筛选出差异表达基因的核心模块.对STRING online工具筛选的差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析.结果:通过GEO2R筛选出Mφ相对于Mo的差异表达基因961个(Log|FC|≥2且P＜0.05);进一步利用STRING online筛选得到差异表达基因670个;“MCODE”插件筛选出的核心模块中与黏附相关的上调差异表达基因为ANLN,与黏附相关的下调差异表达基因为FPR2;KEGG分析发现差异表达基因主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用、吞噬体、细胞黏附分子等信号通路中,其中细胞黏附分子信号通路中PTPRM、CADM1、CD276等基因表达上调以及ITGAL、SELL、ICAM2、ICAM3等基因表达下调.结论:利用生物信息学揭示差异表达基因PTPRM、CADM1、CD276、ITGAL、SELL、ICAM2、ICAM3等可能在调控Mφ黏附功能中扮演重要作用.