溶藻弧菌HY9901vscH基因克隆及生物信息学分析

摘要

[目的]克隆溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)HY9901 vscH基因,并分析其序列结构.[方法]参照GenBank上的溶藻弧菌全基因组序列设计1对特异性引物,PCR扩增溶藻弧菌HY9901株的Ⅲ型输出蛋白YopR核心家族蛋白vscH基因全长,用生物信息学手段分析VscH序列,构建VscH系统进化树及亚基三维结构模型.[结果]vscH基因序列全长636 bp,编码211个氨基酸,推导的蛋白分子质量为24.09 ku.经预测,VscH不存在信号肽与跨膜区;含有2个ASN-糖基化位点,14个磷酸化位点,2个N-豆蔻酰化位点,2个内质网靶向序列及2个微体C-末端靶信号位点;有1个主要功能域,T3SS_needle_reg(第71-211氨基酸);α-螺旋占66.35%,无规则卷曲占23.22%,延伸链占5.69%,β-折叠占4.74%;可能的B细胞抗原优势表位,分别是第20~23,25~28,37~40,48~51和109~112区段.溶藻弧菌VscH系统进化树与弧菌(Vibrio)聚为一簇.VscH亚基三维结构模型与鼠疫耶尔森菌毒力因子YopR蛋白的编码基因yscH相似.