胶质母细胞瘤中lncRNA GAS5相关m6A基因的生物信息学分析

摘要

目的采用生物信息分析技术探讨胶质母细胞瘤中和长链非编码RNA GAS5相关的m6A基因的筛选及临床特征分析。方法从开放的癌症基因图谱(TCGA)和基因型组织表达(GTEx)数据平台下载脑胶质瘤样本转录水平数据。根据TCGA胶质母细胞瘤患者GAS5基因的表达量做相关性分析,筛选出GAS5相关m6A基因。通过权重基因共表达网络分析(WGCNA)构建加权基因共表达网络,寻找协同表达的基因模块,筛选GAS5共表达的基因。GAS5共表达的基因和GAS5相关m6A基因取交集。CGGA数据库分析筛选出的基因与胶质瘤患者的临床特征及预后之间的关系。结果分析的13个m6A基因中,相关性系数>0.4,P<0.001,7个基因(HNRNPC、FTO、KIAA1429、ALKBH5、YTHDF2、WTAP、YTHDC2)与GAS5相关,其中HNRNPC、KIAA1429、YTHDF2、WTAP呈正相关,FTO、ALKBH5、YTHDC2呈负相关。通过构建WGCNA网络,筛选GAS5共表达的基因,brown模块共1292个基因与GAS5相关性最高(cor=0.84,P=1e-200)。HNRNPC是GAS5与m6A相关基因和GAS5共表达的交集基因,HNRNPC基因的表达不同在IDH Mutation(P=0.008)、IDH mutation status&1p/19q codel status(P=2.1e-05)中具有统计学意义。GAS5高表达的情况下,HNRNPC的高表达有利于生存(P<0.05)。结论胶质母细胞瘤中,m6A相关基因HNRNPC和GAS5密切相关。HNRNPC和胶质母细胞瘤的恶性程度、疾病预后有关,进一步阐明HNRNPC通过识别GAS5的m6A甲基化修饰在胶质瘤发生发展中的作用和机制,有望为胶质母细胞瘤的诊疗提供一种新的手段。