利用生物信息学综合分析lncRNA GAS5在三阴性乳腺癌中的功能作用

摘要

目的:利用生物信息学管理对乳腺癌和癌旁组织进行长链非编码RNA-生长停滞特异基因5（lncRNA GAS5）差异表达分析，以探讨GAS5对三阴性乳腺癌发生发展的影响。方法:用基因图谱计划（The Cancer Genome Atlas，TCGA）的乳腺癌数据分析各个乳腺癌亚型及病理分期中GAS5的表达情况。利用基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）中三阴性乳腺癌数据GSE76124和GSE83937对GAS5进行相关性分析，选取相关性基因并取交集。利用所得到的正相关基因做GO功能和KEGG通路富集分析。用TCGA数据库和GEO76124数据进行GAS5的GSEA分析。选取GEO数据集GSE40525和GSE76250进行三阴性乳腺癌的差异miRNA和mRNA的筛选，通过预测，构建GAS5-miRNA-mRNA的ceRNA网络。结果:GAS5在乳腺癌各亚型组织中表达均较癌旁组织低。GAS5主要参与多种代谢进程包括有机物代谢、大分子代谢、氮化合物代谢等，在通路方面主要影响真核生物中的核糖体生物发生，WNT信号通路等。通过构建GAS5在三阴性乳腺癌中ceRNA调控网络，发现GAS5最有可能通过吸附hsa-miR-650和has-miR-532-5p调控包括SLC7A2和LONRF2在内的25个基因的表达，发挥抑癌基因的作用。结论:lncRNA GAS5可能在乳腺癌中起到抑癌基因的作用，可为乳腺癌的基因治疗提供新的治疗靶点。