粗粒化系统的GROMACS模拟

摘要

GROMACS是一款被广泛采用的分子动力学模拟软件.本文从扩展力场出发,使之适用于粗粒化系统的模拟,从而能使用GROMACS标准工具生成拓扑,构建分子系统.同时使用粗粒化的MARTINI势能对两个分子系统进行模拟和验证.最后给出了GROMACS单位到更一般粗粒化系统的映射方法.本文采用的方法对将GROMACS扩展到实际的非生物分子体系也有重要的借鉴作用.