GROMACS-分子动力学模拟并行计算的研究与实现

摘要

随着生物化学研究领域的应用对速度和内存资源需求的增高，并行计算已经成为解决该问题的有效手段，与并行计算相结合的分子模拟，已经作为一种研究探索手段被许多科研工作者广为使用。本文利用一个最为有效的分子动力学软件GROMACS，在几种不同的并行环境LAM/MPI、MPICH2、IBM PE中实现了GROMACS的并行计算。通过时长为5纳秒的模拟体系，分别对计算结果和并行效率进行了分析和比较，从而为利用该软件进行药物设计研究提供了有力的参考。