假单胞菌SJTD-1全蛋白质组学研究

摘要

近年来,石油泄漏对海洋和土壤的污染事件频发,解决这一污染问题非常重要.本实验从原油污染的土壤中分离得到一株新的铜绿假单胞菌株SJTD-1,使用SDS-PAGE-1 DLC-MS和offline-2DLC-MS两种方法研究其全蛋白质组.利用这两种技术平台分别鉴定获得1 453个和1 623个可信蛋白,共鉴定到1 912个可信蛋白.通过比较两种技术路线所鉴定到蛋白种类的差异,发现offline-2DLC-MS有利于SJTD-1菌株的膜蛋白、相对分子质量较大的蛋白和pI值不大于8的蛋白的鉴定.另外,对所有鉴定到的可信蛋白进行GO功能注释,亚细胞定位分析和代谢通路富集分析.通过对分离获得的SJTD-1菌株进行蛋白质组学分析,可为铜绿假单胞菌SJTD-1分解环烷烃以及SJTD-1在生物修复应用中的研究奠定基础.