基于生物信息学分析构建转录因子E2F1调控微RNA及其靶向基因网络

摘要

目的运用生物信息学方法分析构建E2F1对微RNA(miRNA)的转录调控进而影响下游靶基因mRNA的转录因子网络,从而探讨E2F1通过miRNA参与肿瘤发生发展的机制。方法基于TCGA数据库筛选存在E2F1上调表达的肿瘤组,检索存在E2F1差异表达的20种肿瘤组织中差异表达的miRNAs。分析差异表达miRNAs的靶基因,并与差异表达mRNAs取交集以构建E2F1-miRNA-mRNA调控网络,对靶基因进行富集分析(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析,构建蛋白质相互作用网络,讨论E2F1调控miRNA及其靶基因,进而影响肿瘤发生发展的生物机制。结果通过生物信息学方法分析构建的TF-miRNA-mRNA调控网络,展现了miR-7,miR-9,miR-17,miR-21,miR-22,miR-24并调节micoRNA in cancer信号通路。结论E2F1转录因子在多种癌症中起促癌作用,本研究为泛基因组癌症的早诊与设计治疗药物提供了潜在的靶点。