1,1'-二萘基骨架的探针分子对氨基酸/氨基酸衍生物识别的研究

摘要

对1,1'-二萘基骨架的3个探针分子,采用Hyperchem和Gaussian 03先后进行分子力学优化、分子动力学模拟、半经验和HF/STO-3G水平几何构型优化.用AutoDock Vina将优化后的探针分子、配体分子α-氨基酸/α-氨基酸衍生物进行对接实验,获得相应的复合物的最佳作用模式并计算它们之间的亲和能.结果表明,理论计算所获得的探针分子与配体分子α-氨基酸/α-氨基酸衍生物之间的结合模式,与根据实验数据所推断的作用模式几乎完全相同；所计算的复合物之间的亲和能,也与实验测定的结合常数间有相同的变化趋势.