采用加权直方图分析和蒙特卡洛重采样法对自由能级的校正研究

摘要

本文采用加权直方图分析方法和蒙特卡洛重采样方法进行自由基校正研究.生成的自由能表面几乎可以收敛到具有足够采样情况的精准表面,并且比常规的加权直方图分析校正方法能更稳定地处理采样不足的情况,为检测能级校正表面的不确定性提供指南,并且定义了明确的标准用以确定能改善其视觉效果的自由能表面平滑程度.本文通过水中的丙氨酸二肽和KillerRed蛋白质子转移的自由能图证明该方法的优势,说明蒙特卡洛重采样法可以作为在产生自由能表面实际的系统中的实用工具.