Egfr基因启动子区的DNaseⅠ高敏感位点定位

摘要

目的 用一种新方法研究表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因启动子区脱氧核糖核酸酶Ⅰ高敏感位点(DNaseⅠhypersensitive site,DHS),找出确切DNaseⅠ酶切位点,进而预测可能与DHS相结合的转录因子,探索egfr基因表达调控机制.方法本研究以宫颈癌细胞系HeLa(EGFR+)、乳腺癌细胞系MDA-MB-231(EGFR+)和阴性对照白血病细胞系K562(EGFR-)为模型,在用浓度为5 kU/L、10 kU/L DNase Ⅰ消化细胞核中染色质后,采用连接介导PCR(ligation-mediated PCR,LM-PCR)的方法,检测出egfr基因启动子区DHS,并进行测序.通过对测序结果进行分析,确定egfr基因启动子区DHS的具体位置.用生物信息学方法对所得DHS进行分析,预测与之结合的转录因子. 结果对测序结果进行分析得到确切DNaseⅠ酶切位点.在egfr基因表达阳性的宫颈癌细胞系HeLa、乳腺癌细胞系MDA-MB-231中,DHS位于转录起始点上游300 bp至500 bp的启动子区内;而在egfr基因表达阴性的白血病细胞系K562中未发现DHS.运用生物信息学方法,用转录元件搜索软件(transcription element search software,TESS)对DHS进行分析,找到16个可能与egfr基因启动子区DHS序列相结合的转录因子.结论在egfr基因表达阳性的细胞系中,egfr基因启动子区存在DHS,可能是转录因子的结合区.这些实验结果为研究egfr基因启动子区空间构象、预测转录因子结合位点提供了部分实验依据.