阿维链霉菌基因表达谱芯片的初步研究

摘要

用表达谱芯片分析阿维链霉菌在发酵过程中转录组表达情况,优化微生物转录组分析条件.提取RNA,进行荧光探针的合成,杂交,扫描对数据进行分析.RNA的提取要注意破壁方法的选择以及菌体量;合成cDNA时,RNA的加入量一般在10μg左右;当cDNA用逆转录的方法得到时,用专门的纯化试剂盒要比传统的异丙醇纯化效果好;杂交温度对于合成基因来说一般在42℃,对于比较长的PCR产物来说,温度相比较要高点;对于杂交时间来说,杂交12h之上,效果要明显比6h的好,所以杂交时间一般选择12h之上.对芯片上的197个合成基因进行分析:大约有60个基因进行了表达,其中包括18个双组分或激酶基因;10个糖酵解或者三羧酸循环途径基因;3个阿维基因簇;7个调节基因;5个细胞分化或孢子形;4个运输或固定基因;两个伴侣分子;5个RNA聚合酶σ因子;3个转录基因;两个脂肪酸合成基因;1个RNA聚合酶β亚基.