基于流式细胞术和K-mer分析的好好芭基因组大小估测

摘要

好好芭是一种重要的特种油料植物,具有极高的经济价值.由于好好芭基因组数据缺乏,导致其分子生物学研究进展相对缓慢.本研究以黄瓜和大豆作为内标,用流式细胞仪测定经碘化丙啶(PI)染色的内标细胞核和好好芭细胞核混合样品的PI荧光强度,通过比较好好芭与内标细胞DNA含量峰值的倍数关系,计算好好芭的基因组大小.同时使用基于生物信息学的K-mer分析来估测好好芭的基因组大小.采用流式细胞术测得好好芭基因组大小约为774 Mb.Kmer分析表明,当K值分别为17、19、21时,相应的DNA峰值出现在128、125和123,因此估测jojoba基因组大小为777～794Mb.K-mer分布曲线有明显的杂合峰,说明jojoba基因组杂合度较高.本研究完成了对好好芭基因组大小的估测,可为好好芭基因组学研究提供参考.