日本百脉根牻牛儿基牻牛儿基氢化酶的电子克隆及进化分析

摘要

根据物种间同源基因相对保守的特点,利用生物信息学的方法,以拟南芥(牛尨)牛儿基(牛尨)牛儿基氢化酶(GGH)基因cDNA序列为信息探针,搜索GenBank中的HTGs数据库,找到一个与之高度匹配的日本百脉根基因组DNA序列LJT46M09,用GENSCAN软件分析该序列得到一个包含2个外显子和1个内含子的基因.以此基因序列 BLAST检索GenBank中的est-others数据库获得了同源的EST片段.进行EST拼接后得到该基因的cDNA序列,GenBank登录号为DQ013361,由1 389 bp核苷酸组成,具有完整的开放阅读框架(ORF),推测编码蛋白为462个氨基酸.推导的氨基酸序列与大豆、截形苜蓿、烟草、拟南芥、小麦、水稻的(牛尨)牛儿基(牛尨)牛儿基氢化酶基因氨基酸序列的一致率分别为91%、89%、84%、81%、73%、74%.该基因与叶绿素等的生物合成有关.