肿瘤微环境中分泌的糖蛋白相关的逆转录相关基因在肝细胞癌发展中的作用研究

摘要

目的:本研究旨在探讨肿瘤微环境中糖蛋白相关的逆转录相关基因(RTGs)在肝细胞癌(HCC)发展中的可能作用,以及基因多态性与基因表达异常的相关性。方法:以RTGs为背景,通过转录组测序技术(RNA-seq)及生物信息学手段,分析肝癌组织和癌旁组织中差异表达的糖蛋白相关RTGs的表达情况,并通过实时荧光定量PCR验证试验结果。结果:在癌组织和癌旁组织中发现了24个差异表达的RTGs。对这些RTGs进行功能富集,共富集到1个BP(生物学程序)、1个CC(细胞组分)、4个MF(分子功能)和4个UP_SEQ_FEATURE(蛋白位点序列特征)。分析其功能,发现它们主要集中在细胞外基质、糖蛋白及胶原纤维形成等方面,且糖蛋白相关的RTGs与N-连接糖基化和异常细胞外基质密切相关。差异表达基因的SNV(单核苷酸位点变异)和INDEL(插入和缺失)分析显示,大多数差异表达的糖蛋白相关的RTGs在HCC中都有SNV和INDEL现象,且具有统计学意义的SNV和INDEL的发生频率与相应基因的表达呈正相关。结论:肿瘤微环境中的糖蛋白可能通过N-连接糖基化等参与异常细胞外基质构建,从而参与HCC的发生、发展及转移。另SNV和INDEL可能对基因表达起调控作用。