基于生物信息学分析LPA与肝癌发生、预后的相关性

摘要

目的 评估载脂蛋白(a)基因(LPA)在肝细胞癌(HCC)组织中差异表达特征,确定LPA对HCC发生和预后的影响.方法 根据现有肿瘤基因组图谱计划(TCGA)和基因型组织表达(GTEx)正常组织数据库,获取369例肝癌组织标本和159例癌旁正常组织标本.借助基因表达谱交互分析(GEPIA)平台探讨33种癌症组织中LPA mRNA的差异,分析LPA对HCC患者肿瘤分级和总生存期(OS)中的影响;采用Pearson相关系数法,分别分析LPA mRNA(LPA-001)与DNA错配修复基因(MLH1、MSH2、MSH6、PMS2和EP-CAM)、DNA甲基转移酶(DNMT1、DNMT2、DNMT3A、DNMT3B)的相关性.使用TCGA R软件,对交集差异基因进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果 HCC组织中LPA-001的表达水平低于癌旁正常组织(P<0.05),GEPIA验证了上述结果的可靠性.相对于LPA低表达组,LPA高表达组的HCC患者的总生存期更长,预后更佳(P<0.05).通过GO功能注释和KEGG通路富集分析发现,LPA可能通过翻译起始、mRNA分解代谢、病毒基因表达、病毒转录、焦点粘连、细胞底物黏着连接、细胞底物连接、核糖体亚基等基因,通过核糖体、氧化磷酸化、脂肪酸降解、PPAR信号通路、化学致癌作用、铁死亡等途径进一步影响HCC的发生、发展及预后.结论 LPA在HCC组织中表达水平更低,与DNA错配修复基因及DNA甲基转移酶呈负相关,这与HCC的发展及预后密切相关.