食管癌肿瘤浸润免疫细胞预后相关性的meta分析及生物信息学分析

摘要

目的： 近年来，人们一直在寻找可以预测食管癌患者预后的标志物。目前已有不少研究报道了肿瘤浸润免疫细胞的预后价值，但此类研究几乎都存在不够深入和系统的问题。本研究的目的在于运用meta分析和生物信息学方法评估食管癌组织中浸润的不同亚群免疫细胞的预后相关性。 方法： 通过检索Pubmed，Embase，Cochrane Library和Web of Science这4个数据库筛选食管癌肿瘤浸润淋巴细胞预后意义相关研究。根据免疫细胞亚群和其浸润部位对数据进行分组整合，计算HR和95％CI以评估不同亚群免疫细胞的预后相关性。 下载TCGA数据库中食管鳞癌和腺癌患者的RNA测序数据及临床数据。通过单样本基因富集分析，利用其它文献报道的不同亚群免疫细胞的标签基因组，计算每个食管癌患者肿瘤组织中的每种免疫细胞的富集指数作为对该种细胞数量的估计值。结合患者生存信息评估每种免疫细胞的预后相关性。评估全部免疫细胞标签基因的预后相关性，通过COX比例风险模型构建最优预后预测模型。 结果： 共筛选出29篇评估食管癌患者肿瘤浸润淋巴细胞预后价值的己发表文章。meta分析结果显示，癌巢(TN)和肿瘤间质(TS)部位的高水平总肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)与良好的总生存率(OS)相关(HR=0.54，95％CI0.44-0.65，p=0.00001);癌巢部位，肿瘤间质部位以及癌巢和肿瘤间质部位的高水平CD8+T细胞与良好OS相关(HR=0.77，95％CI0.66-0.89，p=0.0005;HR=0.67，95％CI0.57-0.79,p=0.00001;HR=0.76,95％CI0.63-0.91,p=0.004)。 食管鳞癌中，激活B细胞、激活CD8T细胞、CD56dim NK细胞、嗜酸性粒细胞、效应型CD8+记忆T细胞、γδT细胞、巨噬细胞、肥大细胞、NK细胞及类浆细胞型树突状态细胞的ES值与患者OS相关;食管腺癌中，中央型CD8+记忆T细胞与滤泡型辅助T细胞ES值与患者OS相关。基于肿瘤浸润免疫细胞，预后相关免疫标签基因和临床指标可以构建更好的预后预测模型。 结论： 总肿瘤浸润淋巴细胞及CD8+T细胞是潜在的食管癌患者预后标志物。多种亚群的免疫细胞与食管鳞癌及腺癌患者的预后相关。联合运用肿瘤浸润免疫细胞、预后相关基因和临床指标可构建更好的患者预后预测模型。

目录

摘要

一、引言

2．研究方法

2．1第一部分：meta分析

2．2生物信息学分析

3．研究结果

3．1 meta分析

3．1．1纳入研究

3．1．2分组分析

3．1．3发表偏倚

3．2第二部分：数据分析

3．2．1．数据获取

3．2．2 Cybersort算法解析各肿瘤浸润免疫细胞的比例

3．2．3单样本基因富集分析算法计算各免疫亚群富集指数

3．2．4食管鳞癌和腺癌肿瘤组织中各亚群免疫细胞ES值的比较

3．2．5食管鳞癌和腺癌中各亚群免疫细胞ES值间的相关性

3．2．6各亚群免疫细胞ES值的预后意义

3．2．7有预后价值的免疫细胞亚群ES值的相关性

3．2．8不同期别及级别的食管癌组织中肿瘤浸润免疫细胞ES值的差异

3．2．9预后模型的构建

4．讨论

4．1 meta分析部分

4．2生信分析部分

5．总结

补充材料

参考文献

致谢

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