番茄中与致病密切相关miRNA的挖掘及特性分析

摘要

MicroRNAs(miRNAs)是一类在真核生物体内普遍存在的、长度约22nt的内源性非编码小分子RNA,它通过与靶mRNA的结合参与多种基因的表达调控.番茄作为一种重要的模式植物,其miRNA的研究近年来也取得了较大的进展.文章通过搜集已报道的文献和miRBase,找到番茄中34个miRNA的表达与致病相关,采用生物信息学方法预测它们的靶基因,利用Cytoscope软件构建miRNA及其靶基因的调控网络.从中筛选出13个与致病密切相关的miRNA,根据各miRNA之间关联性的大小及其与致病相关靶基因的多少,进一步选出miR169、miR482、miR5300、miR6024、miR6026和miR6027,并对其进行了靶基因功能分析、启动子分析及实时定量PCR验证,为全面深入研究miRNA的作用机制奠定了基础.