蒺藜苜蓿（Medicago truncatula）中miRNA的挖掘

摘要

从NCBI（National Center for Biotechnology Information）中下载了蒺藜苜蓿的小RNA高通量序列和降解组测序数据，对它们分别进行归一化处理；从miRBase中下载了已知的miRNA和pre-miRNA前提信息；从plantGDB中获得蒺藜苜蓿的cDNA序列。根据小KNA高通量测序信息，与pre—miRNA进行匹配，找到miRNA candidates，对其靶基因进行预测，并利用降解组高通量测序结果和T—plot靶基因进行预测，并利用降解组高通量测序结果和T-plot作图法进行验证。获得11个具有特定功能的靶基因对应的30个新miRNA。对这些靶基因进行文献挖掘后进一步分析miRNA新基因的调控功能，结果表明，这些miRNA新基因对蒺藜苜蓿的营养摄取、生长发育和抗胁迫应答具有重要的调控作用。为深入了解蒺藜苜蓿中miRNA调控网络和调控机理根供了重要信息和理论基础。