侵染贵州火龙果的仙人指X病毒的基因组序列变异

摘要

为仙人指X病毒(Schlumbergera virus X,SchVX)的分子检测与防控提供理论基础,利用基于Illumina平台的高通量测序分析6份疑似病毒感染贵州火龙果样品,研究侵染火龙果的仙人指X病毒发生情况和遗传变异。结果表明:在5份样品中获得大量SchVX相关序列,占样品序列数的3.7%~17.5%;SchVX贵州分离物与参考基因组(Genbank登录号:KP090203)的序列一致性为82.8%~100.0%;SchVX贵州分离物之间编码外壳蛋白的核苷酸序列和推导的氨基酸序列一致性分别为92.5%~97.3%和96.0%~99.1%,分别与来自于仙人掌科其他寄主的NI、K11和Palma-PE分离物序列一致性类似,略高于nopal verdure 1分离物;SchVX贵州分离物与NI、K11和Palma-PE分离物亲缘关系较近,与nopal verdure 1分离物较远。样品采集地的火龙果普遍受SchVX侵染,其基因组序列存在一定程度的分子变异。