油棕转录组SSR标记开发研究

摘要

从NCBI网站下载40 728条油棕EST,结合文献报道的油棕果肉转录组序列信息,通过聚类拼接和处理,得到全长为32 637.947 kb的无冗余序列20 054条.在这些序列中共检索出4 538个SSR,检出率为22.6％.其中以单核苷酸重复基序为主导类型,出现频率为51.2％,二核苷酸、三核苷酸重复基序的出现频率分别为20.4％和17.9％.随机挑选了400对SSR引物进行PCR多态性检测,获得29对PCR多态性引物,并随机选取11对引物进行验证,在4种不同来源的油棕样本中表现出多态性.