基于转录组的剑麻SSR标记开发与筛选

摘要

本研究基于剑麻转录组测序获得的70110条Unigene序列,采用MISA 1.0软件查找SSR位点,利用Primer 3.0设计SSR引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对其中的100对SSR引物有效性进行验证.总计获得了13175个SSR位点,SSR的分布频率为15.61％.70110条Unigene序列总计包括60种重复基元,其中单核苷酸重复为主导重复类型(37.96％),其次是二核苷酸重复和三核苷酸重复,比例分别为32.92％和27.90％,四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸重复所占比例总计为1.21％.A/T、AG/CT和AGG/CCT分别为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复的优势基元.100对SSR引物中有68对引物可扩增出目标产物,其中18对引物在6份剑麻种质中表现出多态性,该结果为利用SSR分子标记技术开展剑麻种质资源鉴定、遗传多样性分析等奠定基础.