嗜热链球菌谷氨酸脱羧酶基因及其侧翼区序列分析

摘要

从嗜热链球菌Streptococcus thermophilus Y-2的谷氨酸脱羧酶基因(gadB)及其两侧旁邻序列出发,在GenBank中分别用Blastn、Blastx搜索同源序列.gadB在核酸水甲上无法找到同源序列,在蛋白质水平上与多种细菌的谷氨酸脱羧酶同源.根据谷氨酸脱羧酶的氨基酸序列构建系统发育树,菌株Y-2与具核梭杆菌Fusobacterium nucleatum subsp.polymorphum ATCC 10953的亲缘关系最近.gadB的上游侧翼区与嗜热链球菌LMG 18311的插入序列IS1216转座酶基因具有很高的相似性.gadB的下游侧翼区在核酸水平上未找到同源序列,在蛋白质水平上与谷氨酸/γ-氨基丁酸转运蛋白有很高的相似性.菌株Y-2的gadB、gadC排列方式与大肠杆菌、弗氏志贺菌的相同,而与乳酸乳球菌、短小乳杆菌的相反.在已完成全基因组测序的3个模式株Streptococcus thermophilus LMG 18311、CNRZ1066、LMD-9中均含有插入序列IS1216,但未发现谷氨酸脱羧酶基因gadB、谷氨酸/γ-氨基丁酸转运蛋白基因gadC.