葡萄膜恶性黑色素瘤转移相关的非编码RNA表达谱及竞争性内源RNA调控网络分析

摘要

目的:利用生物信息学方法分析与葡萄膜恶性黑色素瘤转移相关的非编码RNA,以及它们作为竞争性内源RNA的作用机制。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载80例葡萄膜恶性黑色素瘤患者的RNA测序数据和临床资料,采用edgeR算法分析转移与非转移患者组织中差异表达(differentially expressed,DE)的长链非编码RNA(lncRNA)、微小RNA(miR)和mRNA,并构建lncRNA-miR-mRNA的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,基因富集分析和通路分析研究网络中mRNA的生物学功能。Kaplan-Meier生存曲线分析ceRNA网络中核心RNA与生存率的关系。结果:从发生远处转移的葡萄膜恶性黑色素瘤样本中,共鉴定出346个上调的mRNA,118个下调的miR和45个上调的lncRNA。其中67个mRNA,7个miR和30个lncRNA相互组合形成616个ceRNA单元,并形成了一个具有181条边线ceRNA网络。基因富集分析表明:网络中的mRNA富集在肿瘤生成和转移相关的几个基因本体(Gene Ontology)和信号通路。拓扑分析确定了6个核心lncRNA(LINC00861、LINC02421、BHLHE40-AS1、LINC01252、LINC00513和LINC02389)和3个核心mRNA(UNC5D、BCL11B和MTDH)。所有核心lncRNA、核心mRNA的表达水平和5个miR(miR-221、miR-222、miR-506、miR-507、miR-876)的表达水平均与总体生存率显着相关(均P<0.05)。结论:本研究揭示了几种lncRNA及其相关的ceRNA网络在葡萄膜恶性黑色素瘤转移中的作用,为进一步研究葡萄膜恶性黑色素瘤的发生和/或转移提供了新的方向。