狂犬病病毒口服疫苗株SRV_9基因组全长cDNA的克隆及特性分析

摘要

为了解狂犬病病毒口服疫苗株SRV9的基因序列与生物学特性的关系,明确其作为疫苗株的分子基础,通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR),获得了贯穿全基因组的3个重叠的cDNA片段。将获得的cDNA片段分别克隆至pMD-18T载体上并进行序列测定,对测序结果进行拼接得到全长cDNA序列(GenBank登录号:AF499686)。SRV9株与亲本株SADB19全序列比较分析显示,二者同源性为99.8%,SRV9的变异主要发生在糖蛋白的编码区域,共有5个碱基发生改变,在转录酶蛋白编码区出现2个碱基的改变,其他蛋白编码基因均未出现突变;氨基酸比较分析显示,在转录酶蛋白氨基酸序列发生2个改变;糖蛋白成熟肽的第34位、292位、333位和338位氨基酸分别发生了Gly→Glu,Ala→Thr,Arg→Ser,Ile→Val的改变,其中第34位氨基酸位于第抗原区,第333位和338位氨基酸位于第抗原区。这些抗原位点的突变可能是引起病毒蚀斑特性改变、毒力降低和免疫原性及安全性提高的重要原因。