内源性绵羊肺腺瘤逆转录病毒env基因克隆与生物信息学分析

摘要

本研究对内源性绵羊肺腺瘤逆转录病毒(endogenous jaagsiekte sheep retrovirus,enJSRV)env基因进行克隆、测序并利用生物信息学方法分析enJSRV Env蛋白的相似性、遗传进化、理化性质、糖基化位点、磷酸化位点、B细胞抗原表位及其二级、三级结构。实验获得了完整的enJSRV env基因序列,其全长1836 bp,编码611个氨基酸。在env基因编码的TM区没有发现exJSRV所特有的“YXXM”基序,env基因属高度保守的基因。env基因序列与GenBank中已登录的enJSRV env基因序列相似性为98.7%~99.5%,推导氨基酸序列相似性为98.0%~99.5%。enJSRV env基因与GenBank中已登录的exJSRV env基因序列相似性88.3%~95.2%,推导氨基酸序列相似性为92.3%~93.8%。生物信息学分析结果显示,enJSRV Env蛋白表现为弱碱、亲水、不稳定蛋白;其二级结构中以α-螺旋和无规则卷曲结构为主,三级结构同源建模成功,主要是螺旋和无规则卷曲;亚细胞定位Env蛋白主要分布在细胞内质网中,无信号肽,存在跨膜结构域;Env蛋白序列中存在25个丝氨酸磷酸化,21个潜在苏氨酸磷酸化位点和5个酪氨酸磷酸化位点以及4个糖基化位点;抗原表位预测显示,该蛋白含有多个B细胞优势抗原表位和多个优势CTL表位。本研究结果为进一步阐释enJSRV Env蛋白在绵羊(Ovis aries)体内的生物学作用的研究提供新的思路。