绵羊肺腺瘤病毒内蒙株env基因的克隆及生物信息学分析

摘要

根据GenBank中绵羊肺腺瘤病毒(AF105220)env基因序列设计合成了1对引物。提取自然感染绵羊肺腺瘤病的羊肺组织总RNA,应用RT-PCR技术对env基因进行了扩增,将其回收后克隆入PMD19-T载体中并进行了序列测定。应用生物信息学分析技术并对env基因所编码的蛋白进行了结构预测。结果表明,env基因全长1 848bp,共编码615个氨基酸。在基因编码的TM区发现外源性exJSRV特异性的"YXXM"基序。测定序列与美国代表株(AF105220)的env基因序列比较核苷酸同源性为98.8%,推导出的氨基酸同源性为99.8%。通过protparam工具统计分析可知env基因所编码的蛋白为亲水蛋白。