基于转录组的君迁子SSR特点分析

摘要

为全面了解君迁子简单重复序列（SSR）的分布特点，开发更多的SSR分子标记，本研究对君迁子叶片转录组中Unigenes进行了SSR分析。结果表明，测序共获得93 359条Unigenes，总长度为75 880 230 bp，分析共得到13 751个SSR位点，分布在10 001条Unigenes上，发生频率为10.71%，分布频率为14.73%，平均每5.5 kb出现1个SSR位点。君迁子SSR主要以单、二核苷酸SSR为优势SSR（5 483, 5 118），所占比例分别为39.87%、37.22%，其次是三核苷酸SSR（2 010, 14.62%）。单核苷酸SSR主要以A/T类型为主（4 989,36.27%），二、三核苷酸SSR出现次数最多的分别是AG/CT（3 352, 24.38%）和AAG/CTT（842, 6.12%），四、五、六核苷酸SSR数目较少，仅占总SSR的1.6%。SSR基序长度主要位于10～20 bp之间（88.73%）。共发现181 951个SNP位点，其发生频率为0.24%，主要以同类碱基转换形式（A/G, G/A, T/C, C/T）存在，共占64.83%，碱基颠换类型共8种，占35.17%。利用Primer 3设计SSR引物，共得到11 517对引物，成功率52.24%。本研究分析了君迁子转录组SSR的分布特点，设计了大量的SSR分子标记引物，为君迁子资源的遗传多样性分析、鉴定与分类提供依据，同时为优良君迁子单株的选育与开发利用提供了科学依据。