透明细胞肾细胞癌预后标志物的生物信息学筛选和鉴定

摘要

目的 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）是肾细胞癌的主要亚型，恶性程度高，预后差。应用生物信息学的方法，筛选并鉴定出ccRCC的预后标志物。方法 利用基因表达数据库（GEO）中的3个基因数据集（GSE6344、GSE53757和GSE66270）筛选出ccRCC组织与相邻正常组织间的差异表达基因（DEGs）,利用基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析对差异表达基因进行功能分析。用STRING数据库和Cytoscape软件构建差异表达基因蛋白之间相互作用网络并获取枢纽基因。利用UALCAN和GEPIA数据库对枢纽基因进一步筛选，获得与ccRCC预后相关的基因。利用GEPIA、UALCAN、CPTAC和HPA等数据库网站对候选基因进行mRNA和蛋白水平验证。结果 经过筛选，共获得了163个在透明细胞肾癌组织和癌旁组织中表达量有明显差异的基因。通过进一步筛选及分析发现，与癌旁正常组织相比，ccRCC患者癌组织中果糖-1,6-二磷酸醛缩酶B（ALDOB）、溶质载体家族34成员A1（SLC34A1）、磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶1（PCK1）和重组人脂肪酸结合蛋白1（FABP1）等基因的mRNA和蛋白表达量均显著下调。这些基因的低表达水平与ccRCC患者的总生存期和无病生存期不良有关。结论 ALDOB、SLC34A1、PCK1和FABP1在ccRCC癌组织中表达下调，可能成为判断患者预后的标志物。