基于生物信息学分析鉴定肝细胞癌预后生物标志物

摘要

目的 运用生物信息学方法筛选出新的肝细胞癌(HCC)预后生物标志物.方法 通过GEO2R筛选GSE14520数据集中的差异表达基因(DEG),利用STRING构建蛋白互作网络(PPI),Cytoscape软件筛选出关键基因.DAVID进行GO和KEGG分析,然后使用GEPIA分析关键基因在HCC中的表达以及与预后的关系.结果 GSE14520数据集共筛选出348个差异表达基因,其中91个上调基因,257个下调基因.从PPI中筛选出排列最前的2个网络模块:模块1和模块2.两个模块中位于网络中心区域的关键基因共46个.关键基因显著富集于细胞周期、DNA复制药物代谢等信号通路.GEPIA验证显示关键基因中的PROZ和F9在HCC患者中显著低表达,并与患者总体生存率及无病生存率降低相关.结论 PROZ和F9可作为HCC的潜在预后生物标志物.