海南粗榧转录组SSR特征分析

摘要

海南粗榧(Cephalotaxus hainanensis)作为一种濒危孑遗植物,其遗传资源的保护和合理开发十分必要。为了深入了解海南粗榧的遗传背景,本研究利用Illumina Hiseq TM 2000高通量测序平台对海南粗榧的转录组进行了测序,并利用MISA软件对其进行SSR位点搜索和分析,搜索到有25 402个SSR位点,在143 614条Unigenes中,其中20 706条在Unigenes上,出现频率为17.69%,分布密度为131.70个/Mb;SSR位点的重复类型从单碱基到六碱基重复均有包含,其中SSR位点中数量最多的是单碱基重复类型,占比达到67.94%,其次分别为二碱基和三碱基重复类型;所有重复基元共118种,(A/T)n含量最多,为66.89%;SSR位点的重复次数和序列长度分布较广,重复次数在5～85次之间,序列总体长度范围在10～88 bp。通过对海南粗榧转录组SSR位点的出现频率、分布密度、重复类型、重复次数和序列长度等特点分析,表明海南粗榧具有较长的进化时间和较高的突变频率,同时SSR位点具有较高的多态性潜能,本研究全面了解海南粗榧转录组SSR位点的分布和序列特征,旨在能揭示海南粗榧的遗传背景,以期为其分子生物学、功能基因以及分子育种研究提供参考依据。