生物信息学方法探讨VPS72在肺腺/鳞癌中的表达及潜在作用机制

摘要

目的通过多种数据库分析空泡蛋白72同源物(VPS72)在肺腺/鳞癌中的表达水平、预后关系及潜在作用机制。方法基于肿瘤基因组图谱(TCGA)的数据集结合TIMER数据库和R语言数据包分析VPS72在肺腺/鳞癌的表达水平,Kaplan-Meier Plotter结合ROC曲线在线软件评估VPS72的预后关系和诊断价值,采用STRING和LinkedOmics筛选VPS72的互作蛋白和共表达基因,并通过LinkedOmics进行GO/KEGG功能富集分析,利用TIMER分析VPS72的表达与免疫细胞浸润之间的相关性,通过TISIDB数据库分析VPS72表达与不同免疫亚型的相关性。结果VPS72在肺腺/鳞癌中高表达,高表达VPS72的肺腺癌患者总生存期明显缩短(P=0.01),但高表达VPS72的肺鳞癌患者总生存期差异无统计学意义(P=0.17)。PPI分析发现,VPS72与H2AFZ、RUVBL1、DMAP1等10个蛋白存在相互作用。功能富集分析发现,VPS72主要参与剪接体和核糖体合成等过程。在肺腺癌中,VPS72表达与多种免疫细胞(包括B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞)浸润呈负相关;在肺鳞癌中,VPS72表达与巨噬细胞和中性粒细胞呈负相关。在肺腺/鳞癌中,VPS72表达与6种免疫亚型相关。结论VPS72在肺腺/鳞癌中表达显著增高,与肺腺癌的预后有一定的相关性,且参与了多种通路过程,与多种免疫细胞具有相关性,可能成为肺腺/鳞癌预后预测和治疗的新靶点。