陆地棉Dof基因家族的全基因组鉴定及分析

摘要

[目的]单锌指DNA结合蛋白(DNA binding with one finger,Dof)是1类植物特有的转录因子,在植物生长发育与非生物胁迫响应中发挥非常重要的作用.本研究旨在对陆地棉Dof转录因子家族进行全基因组分析,为深入研究Dof基因参与植物生长发育的调控机制提供参考.[方法]基于最新发布的陆地棉基因组数据,利用生物信息学手段对陆地棉Dof基因家族进行全基因组鉴定,并系统分析Dof基因家族成员的理化性质、序列特征、基因复制、系统进化和表达谱.[结果]陆地棉中一共鉴定出118个Dof基因.经聚类分析将其分成9个亚家族,同一亚家族的陆地棉Dof基因有相似的内含子/外显子和基序分布模式.基因复制分析表明,全基因组复制可能导致陆地棉Dof基因的扩增.陆地棉Dof基因启动子区域存在不同植物激素和逆境胁迫响应元件.转录组分析表明,陆地棉Dof基因在不同的组织、发育时期和逆境胁迫下聚为3个表达模式不同的类群,暗示了其功能多样性.[结论]陆地棉Dof基因家族的全基因组鉴定和分析,有助于了解其进化和功能,为后续研究提供重要参考.