基于生物信息学方法分析心肌梗死大鼠miRNA芯片

摘要

目的 筛选大鼠梗死心肌组织microarray芯片中差异表达的miRNA,预测其互作lncRNA和靶基因,探索心肌梗死潜在的病理机制.方法 结扎左前降支冠状动脉建立大鼠心梗模型.应用TRIzol法提取梗死左心室心肌区总RNA进行芯片检测.用生物信息学方法找出可能存在的ln-cRNA-miRNA-mRNA调控网络.结果 19个明显差异表达的miRNAs中8个miRNAs(miR-21、miR-132、miR-222、miR-223-3p、miR-146a/b、miR-181b、miR-449a-5p、miR-122)已被证明是治疗心梗的候选分子,7个miRNAs(miR-365-5 p、miR-490-5p、miR-6333、miR-30c-1-3p、miR-3591、miR-3596c、miR-877)是否与心肌梗死有关未知.心肌梗死发生发展中可能存在几条新的lncRNA-miRNA-mRNA作用机制.EN-SRNOT00000076620-miR-146b-5p-STAT3/Rnf7/Qrsl1可能参与梗死心肌细胞的凋亡和线粒体损伤过程.EN-SRNOT00000071991-miR-122-Deptor可能抑制心肌细胞自噬的发生,加剧心肌梗死的过程.NR_132625-miR-21-3P/miR-18a-5p-Coq5/Acsl1/Tmem65可能参与心肌梗死线粒体损伤过程.结论 通过心肌梗死大鼠miRNA芯片分析得到的lncRNA-miRNA-mRNA三元关系,为深入研究心肌梗死分子水平的病理机制,揭示相关药物作用机制以及寻找治疗新靶标提供方向和理论依据.