实时荧光定量PCR对兔戊型肝炎病毒(HEV)的检测及评估

摘要

目的 兔戊型肝炎病毒(HEV)是近年来新发现的,根据其分子生物学特征可能成为HEV的新基因型.为提高对兔HEV的检出率,本研究设计了针对兔HEV RNA的特异性引物和TaqMan探针并对其进行考评.方法 1)从GenBank中下载14条兔HEV全长序列,分别在其ORF1、ORF3片段的保守区域设计一条TaqMan探针和一对上、下游特异性引物,其中ORF1片段的探针及引物为C组,ORF3片段的为B组;A组的探针及引物为Jothikumar N等所报道的通用引物;2)制备相应的质粒标准品来构建定量标准曲线,并利用上述3套引物、探针对49份兔粪便及44份兔血液样品进行检测,将B、C组检测结果与A组的检测结果进行比较.结果 新建立了两套兔HEV定量PCR的TaqMan探针及引物(B、C组),其标准曲线的斜率分别为-3.455和-3.469;使用上述3套引物及探针(A、B、C组)对49份粪便标本进行荧光定量PCR检测,其HEV RNA阳性率分别为67.35％ (33/49)、67.35％(33/49)、57.14％(28/49),平均HEV RNA(log copies/g)拷贝数为6.18、5.90、6.11;44份血液标本的HEV RNA阳性检出率分别为65.90％(29/44)、56.82％(25/44)、50.00％(22/44),平均HEVRNA(log copies/mL)拷贝数为3.62、3.43、3.03;结果显示以上3组探针及引物均可用于粪便和血液标本的定量检测.结论 兔HEV虽然有其独特的基因结构,但使用HEV通用引物检测不影响检出率.