湖北2013年部分柯萨奇A16型肠道病毒VP1基因分子特征分析

摘要

目的 全面研究和了解2013年湖北省柯萨奇A16型的VP1基因特征,分析CVA16型病毒在我省的基因型别及分子进化分析.方法 对2013年湖北省21株CVA16病毒流行株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸及氨基酸序列进行同源性比较及系统进化分析.结果 2013年湖北省21株CVA16型病毒流行株的VP1区核苷酸序列全长均为891 bp,VP1区核苷酸和蛋白氨基酸序列同源性分别为90.0％～100.0％和96.3％～100.0％.VP1区基因系统进化分析表明,湖北CVA16流行株主要位于ligeage1和3分支上,分属于B1a和B1b基因亚型.结论 2013年湖北省21株CVA16型流行株主要为B1b基因亚型,其次为B1a基因亚型,在同一地区有两种基因亚型的CVA 16病毒同时存在,在不同的地区存在同一种亚型的CVA16病毒.