基因特征

摘要： 由于岩土材料固有的天然成因,其基本物理力学特性表现出不同程度的空间变异性。基于有限的检测数据很难对岩土材料的整体物理力学特征进行描述,而特征参数取值的差异对岩土工程稳定状态的判别和相关工程设计结果的影响不可忽略。基于该问题,提出对一定空间范围内的特定岩(土)性材料性质整体特性进行描述的岩土材料基因特征的概念,给出基因特征的定义及其基本属性,提出运用大数据理论对大量实际工程中检测到的岩土材料参数数据进行统计分析并寻找其基因特征的思路。研发了岩土材料基因特征大数据管理及分析软件系统,实现了对岩土材料大数据实施收集、传输、分类、筛选、管理和统计分析的功能,并结合在重庆地区收集到的7万余条典型岩土材料数据,对该地区的典型岩土材料基因特征进行分析,得到相应的基因图谱。

摘要： 今年是刘红宇作为全国政协委员参加两会的第十五个年头。作为一名从业时间超过30年的律师,除了致力于推进司法体制改革,她的提案大多与民生话题息息相关。全国政协十三届五次会议期间,刘红宇重点关注被拐卖的妇女儿童这一弱势群体,她呼吁“买卖同罪”,建议人民法院对审理被拐女性婚姻家庭案出具专门司法指导意见、试点在收买被拐妇女儿童案件高发地区强制采集首次登记户口人员的DNA并设立基因特征库,通过立法、执法、科技赋能等手段,促使全社会形成合力,全方位杜绝人口买卖行为。

摘要： 目的基于TCGA数据库构建乳腺癌代谢相关预后模型,揭示代谢与乳腺癌预后之间的关系。方法代谢相关基因从KEGG数据库中获取,limma包用于去筛选TCGA数据库中1109例乳腺癌样本和113例正常对照的代谢相关差异基因,随机抽取70%样本作为训练集,剩余30%样本作为验证集,单因素Cox回归用于筛选预后相关基因,基于glmnet包构建代谢相关预后模型,并通过单因素和多因素Cox回归对模型进行验证。结果本研究筛选出168个代谢相关差异基因,通过生存过滤及去掉过度拟合的基因后最终13个代谢相关的基因用作预后模型的构建,包括NMNAT2、NT5E、QPRT、UGP2、MTHFD2、TSTA3、TYMP、ALDH2、ALDH1A1、IDO1、IL4I1、INPP1和ENPP6。生存分析显示,高风险组患者生存时间显著长于低风险组(P<0.05)。单因素和多因素Cox回归结果表明构建的代谢相关预后模型的风险得分是乳腺癌患者的一个独立预后因素。结论本研究构建的预后模型揭示了代谢与乳腺癌预后之间的关系,为乳腺癌的诊断及研究提供了一个新的视角。

摘要： 目的了解温州病毒在江西地区啮齿动物中感染的情况及病毒基因特征。方法收集2021年江西省高安市、安义县两地啮齿动物鼠肺组织样本,提取样本核酸,采用温州病毒特异性引物进行巢式PCR扩增,PCR产物进行序列测定。采用Ion GeneStudio S5二代测序平台(NGS)对1株核酸阳性样本进行病毒基因组测序,采用CLC软件对基因序列进行分析。结果共收集高安市、安义县啮齿动物肺组织标本164份,通过巢式PCR检出温州病毒3份,均来自高安地区的黄毛鼠。3株病毒部分L基因序列同源性93.66%~98.50%,氨基酸序列同源性95.21%~100%。选取1株病毒(JXGAW45/2021)进行二代测序,获得全基因组序列,其中S、L基因分别含3429、7145个核苷酸。基因组比对分析发现JXGAW45/2021与其他温州病毒核苷酸序列同源性为82.58%~85.75%,氨基酸同源性为88.76%~96.83%,在S、L基因系统进化树中均独立分支,为温州病毒新的变异株。结论首次在江西地区啮齿动物中发现温州病毒。

摘要： 目的 本研究旨在对梅毒螺旋体(Tp)的5种溶血素进行进一步的生物信息学分析,为后续研究溶血素家族蛋白在Tp致病过程中的致病机制提供依据。方法 通过使用NCBI、BLAST、CDD、BioEdit、ExPASy、SignalP、TMHMM、MEGA、PSORTb 3.0、ABCpred等生物信息学分析方法分析梅毒螺旋体溶血素家族蛋白的一般性质、信号肽、糖基化、磷酸化位点、亚细胞位置、二级结构、功能结构域及抗原表位。结果 预测了Tp中5个溶血素家族蛋白一般性质,Tp1037功能结构域不同于其余4种,Tp0028含有1个信号肽,Tp0027含有1个糖基化位点,Tp0027和Tp1037有多个跨膜结构域,5个溶血素家族蛋白均含有多个磷酸化位点和B细胞、T细胞表位。结论 Tp含有5个溶血素家族蛋白基因,提示Tp入侵宿主时这些基因产物极有可能通过其膜成孔毒性损伤靶细胞,从而致病。

摘要： 原发性肝癌是我国常见高发恶性肿瘤,严重威胁人民的生命健康。医学影像学在肝癌的诊疗过程中发挥着重要作用,近十年来中国肝癌影像研究发展取得了显著成效,以人工智能(artificial intelligence,AI)为代表的现代科技的迅猛发展以及超高磁场、多核MRI、光子CT等影像新技术的不断涌现为肝癌患者的早筛、早诊、早治和全程优化管理提供了可靠的技术保障。运用AI结合多维度组学(影像组学、基因组学、蛋白组学等)将会进一步揭示肝癌的“临床-影像-病理-分子”核心关联机制,为无创性评估肝癌的病理特点、基因特征、免疫表型、分子亚型、疗效及预后带来新的机遇,为肝癌患者更加精细化和个体化的临床管理提供技术支持。本文以影像技术为脉络主线,归纳总结了近年来MRI肝脏影像报告和数据系统(Liver Imaging Reporting and Data System,LI-RADS)的应用及肝胆特异性对比剂使用、扩散MRI技术、功能MRI技术、影像组学与AI、CT影像等在中国的临床研究与转化应用成果,展现了这些年我国肝癌影像领域的蓬勃发展和辉煌成就,同时也提出了当前肝癌影像研究的局限性,未来需要根据国内患者的发病特点及人群特征进行有针对性的研究设计,建立涵盖人群广、代表性强的多中心研究队列,建设同质化、高质量的全国肝癌影像数据库;同时需要注重原创性影像新技术的开发和应用,未来将运用AI结合影像组学、基因组学、蛋白组学深入研究肝癌的病理特征、基因表型和预后转归,促进医学影像深度参与肝癌患者的全流程临床管理,为精准医疗提供技术支持,助力实现国民大健康的战略目标。

摘要： 目的 分析2021年银川市人呼吸道合胞病毒(HRSV)全基因组的基因特征。方法 收集2021年银川市2所流感监测哨点医院的流感样标本共1 100份,选择发热并伴有严重呼吸道感染症状的标本共669份,通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法筛选出HRSV阳性标本,对其中符合测序要求的HRSV阳性标本进行全基因组测序。在GenBank数据库下载HRSV全球各基因型别代表株,使用MEGA7软件进行序列比对、亲缘关系进化树构建和遗传距离的计算分析,使用DNAStar软件中MegAlign分析HRSV测序株序列核苷酸(氨基酸)的同源性和氨基酸变异。结果 669份全年龄段的鼻咽拭子标本,HRSV阳性标本60份,阳性率为8.97%。其中有4份HRSV阳性标本全基因组测序成功,亲缘关系进化树显示,2株HRSVA为ON1型,2株HRSVB为BA9型。2条HRSVA全长序列均与MN306029.1/USA/2019/ON1全长序列的核苷酸(氨基酸)同源性最高,2条HRSVB G蛋白基因序列均与MW160815.1/Australia/2017/BA9的G蛋白基因序列核苷酸(氨基酸)同源性最高。氨基酸变异分析结果表明,2条HRSVA在第113、131、178、257、258、266位均发生了突变,分别为T113I、V131D、N178G、E257K、H258Q、H266L,YinChuanRSVA-01在第134位发生K突变为R(K134R),2条HRSVB在第159位和第160位均出现氨基酸缺失,在G蛋白第二高变区的第254、270、276、290位均发生T突变为I(T254I、T270I、T276I、T290I)。结论 2021年银川市HRSV出现了RSVA基因型和RSVB基因型的共同流行,以及多个氨基酸位点的变异。

摘要： 目的分析长春市2018-2020年度甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因特征,了解其变异情况及遗传进化特征。方法选取2018-2020年度甲型H1N1流感病毒分离株72株,PCR扩增NA基因并进行序列测定;利用生物信息学软件对分离株的NA基因进行进化和变异分析。结果长春市72株分离株与疫苗株A/California/07/2009的NA蛋白相比均有V13I、I34V、L40I、N44S、V81A、N200S、V241I、N248D、N270K、Y351F、N369K、N386K、K432E、N449D共同的氨基酸位点变异,且有1株发生了NA蛋白H275Y耐药位点的突变,提示此毒株为奥司他韦耐药株。72株病毒株NA基因之间核苷酸同源性为97.6%-100%,氨基酸同源性为97.2%-100%。在进化树分析上,呈集中分布态势,都属于6B.1分支。结论长春市2018-2020年度甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因持续发生变异,但大部分甲型H1N1流感病毒仍对神经氨酸酶抑制剂敏感。未来仍应加强耐药性监测,为预防甲型H1N1流感大流行提供参考。

摘要： AGL80/FEM111属于Type I型MADS-box基因家族,调控拟南芥中央细胞及胚乳的发育。目前,AGL80在木本植物中鲜有研究报道。本研究从芒果转录组数据中获得并命名为MiAGL80基因。生物信息学分析表明:MiAGL80基因位于1号染色体上,ORF全长为897 bp,无内含子,编码299个氨基酸,理论等电点为4.95,蛋白质分子量为73.19kDa,氨基酸序列中含有1个MADS_SRF_like保守结构域。系统进化树分析表明:芒果MiAGL80与阿月浑子PvAGL80最为接近,且同源性最高,氨基酸相似性为64.29%。启动子序列分析显示:芒果MiAGL80基因的启动子包含光响应元件、逆境响应元件、转录因子结合位点以及激素响应元件等,其中光响应元件相较其他元件数量较多,不仅包含光调节相关元件,还包含昼夜节律表达所必需的区域元件;激素响应元件中包括赤霉素响应元件、生长素响应元件和乙烯响应元件;逆境响应元件主要是干旱响应元件。基因表达模式分析显示:在芒果果实中,MiAGL80随着芒果果实的逐渐发育,其在果肉中的表达水平持续下降,在花后100 d的果实与成熟果中的表达水平很低;在种胚发育过程中其表达水平先上升后下降,在花后100 d的胚和成熟胚中表达水平也很低;在种胚萌发发育期,其表达水平再次升高。在成花发育不同时期的组织器官中:MiAGL80主要在叶片中表达,其表达量先降低后逐渐升高,然后再降低,在花器官发育末期达到最大值;在花芽中的表达水平也显著高于营养芽;但在茎中表达量极低,几乎不表达。说明MiAGL80在芒果果实发育、种胚发育、种子萌发以及成花调控方面发挥作用。以上研究结果为深入研究MiAGL80基因的功能提供参考。

摘要： 为了解辽宁省地区手足口病患者中分离到的柯萨奇病毒(Coxsackievirus) A10型VP1区基因特征,收集了2013年至2018年辽宁省14个市送检的手足口病患者非EV-A71和非CV-A16肠道病毒的阳性标本,通过细胞培养法分离肠道病毒,提取病毒RNA;通过RT-PCR法进行肠道病毒VP1区基因扩增和序列测定;利用BLAST对测序结果比对后确定病毒基因型;对鉴定为CV-A10的分离株进行VP1区同源性分析,并构建系统进化树.2013年至2018年辽宁省共收到非EV-A71和非CV-A16其他肠道病毒的阳性标本9 431份,用人横纹肌瘤细胞(rhabdomyosarcoma cells,RD)分离出CV-A10 165株.CV-A10分离株间的VP1区基因核苷酸同源性为91.3％～ 100％,氨基酸同源性为93.9％～100％,和A、B、C、D各基因型之间的VP1区同源性比较,与C基因型代表株的同源性最高,核苷酸同源性为92％ ～ 100％,氨基酸同源性为93.9％ ～ 100％.系统进化树分析表明,辽宁省CV-A10分离株为C基因型.CV-A10是引起辽宁省手足口病的重要病原体,CV-A10分离株与C基因型代表株处于同一分支上均属C基因型,有C1和C2两个进化分支共同流行,其中C2分支是优势流行株.

摘要： 分析我国北方汉族优秀长跑运动员的多基因特征,以及采用多基因标记相关指标对优秀运动员竞技水平进行诊断的能力.

摘要： 目的：阐明中国六省的水痘-带状疱疹病毒糖蛋白gM(glycoprotein M)、gL(glycoprotein L)的基因特征(2007-2015年),并与GenBank数据库所有上传的疫苗株及野毒株序列进行比对分析. 方法：通过聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR)扩增本研究所选标本的gM、gL基因序列片段,进行核苷酸序列测定和分析. 结果：与疫苗株相比12份阳性VZV标本在gM、gL基因上分别有两个、四个核苷酸差异,且分别有一个碱基突变引起了氨基酸突变.与疫苗株相比gM、gL的核苷酸/氨基酸水平上的同源性分别为99.2％-100％/98.2-100％、99.3％-100％/98.6％-100％;与GeneBank中已上传的野毒株相比gM、gL的核苷酸/氨基酸同源性分别为99.3％-100％/98.5％-100％、99.1％-100％/98.6％-100％.基于2个糖蛋白构建基因亲缘性关系树,其中gM共有七份标本与四株疫苗株具有较近的亲缘性关系,gL中十二份标本均与疫苗株在同一分支. 结论：本研究系首次针对流行于中国的VZV野毒株的糖蛋白gM、gL的进行基因特征分析,发现其基因序列保守,遗传特性稳定,丰富了我国水痘-带状疱疹病毒的糖蛋白本底资料,为评估水痘疫苗的保护效果及水痘的综合防治提供参考资料.但我国幅员辽阔且人口众多,因此非常有必要进行持续和广泛的病毒学检测,逐渐缩小监测空白.

摘要： 目的：了解宁夏手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中柯萨奇病毒A10型(Coxsackievirus A10,CVA10)分离株的基因特征.rn 方法：收集2013-2014年宁夏各市县非EV71和CVA16的肠道病毒核酸检测阳性标本,使用RD细胞进行病毒分离,获得的毒株用兼并引物进行VP1区基因扩增和序列测定.测序结果利用BLAST进行病毒型别鉴定后,对鉴定为CVA10的所有毒株进行基因特征分析.rn 结果：两年共收集到非EV71和CVA16的肠道病毒标本450份,分离到CAV1036株,其中2013年6株,2014年30株.36株CVA10分布于宁夏各个地区,各毒株株间的核苷酸和氨基酸同源性分别为90.6％-100.0％和87.3％-100.0％.与A、B、C、D各型别代表株的同源性比较发现,36株毒株与C型代表株的核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为90.2％％-98.9％和95.7％-99.7％.系统发生树显示,36株CVA10宁夏株与C基因型代表株处于同一分支.rn 结论：CVA10是引起青海省HFMD的常见病原体,本次分离到的CVA10均属于C基因型,具有较宽的同源性范围.

摘要： 目的：对2015年宁夏银川某中学一起感染性腹泻暴发查明病因,并通过与2016年散发腹泻病例中GⅡ型诺如病毒(NoV)进行病毒基因特征分析,阐明暴发疫情对后期病毒流行特征的影响. 方法：收集2015年腹泻暴发和2016年腹泻散发病例粪便标本,开展real-time PCR检测,对GⅡ型NoV利用RT-PCR方法对聚合酶区和衣壳蛋白区部分基因进行扩增和序列测定,用GenBank数据库BLAST(http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/)和NoV分型网站(http：//www.rivm.nl/mpf/NoV/typingtool)进行病毒型别复核鉴定后,用Mega5.1软件和MegAlign软件对GⅡ型NoV病毒系统进化分析和同源性分析. 结果：68份2015年暴发病例标本核酸检出GⅡ型NoV阳性16份,1118份2016年散发病例标本核酸检出GⅡ型NoV阳性122份.测序获得29株(16株源于2015年暴发病例,13株源于2016年散发病例)毒株序列.16株2015年暴发病例毒株中,15株为GⅡ.17型NoV,且处于一个独立的小分支,与2013-2015年美国、日本、香港和广东株等国内外暴发流行株具有较高的亲缘关系;13株2016年散发病例毒株中,仅1株为GⅡ.17型NoV,且与2015年病毒株亲缘关系相对较远,其余以GⅡ.3和GⅡ.4型别为主. 结论：引起2015年感染性腹泻暴发的病原体是GⅡ.17型NoV,本次暴发对后期该病毒的流行影响不大.

摘要： 目的：了解福建省啮齿动物巴贝西原虫的感染状况以及基因特征.rn 方法：收集本省6个地区野鼠和家鼠的全血,采用PCR扩增巴贝西原虫18S rRNA片段,PCR产物纯化测序并进行序列比对分析.rn 结果：我省鼠类中巴贝西原虫感染率为9.57％,家鼠的感染率为2.82％,其中褐家鼠和黄胸鼠感染率分别为2.00％和5.26％.野鼠的感染率为13.04％,板齿鼠、黄毛鼠、社鼠和针毛鼠4个鼠种感染巴贝西原虫,感染率分别为35.14％,1.69％,66.67％和6.06％.野鼠的巴贝西原虫感染率高于家鼠的感染率(P＜0.05).各地区间、不同性别以及鼠龄的感染率没有统计学差异.测序显示我省啮齿动物携带的巴贝西原虫序列完全一致,均为微小巴贝西原虫.rn 结论：福建省啮齿动物存在巴贝西原虫感染,存在对人群致病的风险.

摘要： 新城疫病毒(New castled disease virus,NDV)是副粘病毒科腮腺炎病毒属成员,能导致多种禽类发生严重的呼吸系统和神经系统疾病,致死率较高.NDV的基因组为单股负链RNA,可编码6种结构蛋白,即NP、P、L、HN、F、M,其中F是NDV最重要的功能性糖蛋白,决定NDV的毒力强弱并在NDV致病过程中发挥重要作用.近年来,贵州省鸵鸟养殖业逐渐发展,鸵鸟新城疫给鸵鸟养殖业造成了一定经济损失.本实验从临床症状、病理剖检变化、实验室诊断和病毒基因分析等对患病雏鸵鸟进行检测,旨在探讨鸵鸟源NDV与其他家禽源NDV毒株的相关性,为制定鸵鸟新城疫的防控措施提供科学依据.经临床症状观察和病理剖检,初步诊断本次鸵鸟发生的疫病为新城疫；将病料接种鸡胚后其尿囊液均能够凝集鸡红细胞；使用已知的ND免疫血清与收集的尿囊液作HI试验,能够抑制这种凝集现象,而AI免疫血清和减蛋综合征血清均无凝集抑制现象,由此确诊从病鸵鸟脑病料分离的病毒为NDV。对其NDV流行株的部分F基因进行了测序，所测鸵鸟源NDV流行株F蛋基因部分长为258bp，可编码86个氨基酸；推导的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117，符合NDV弱毒株的特征。

摘要： 目的：对埃可病毒6型(ECH06)福建龙岩分离株连行分子生物学分析,阐明ECH06病毒福建龙岩分离株的分子生学特征及其与世界其它分离株的基因关系。方法：采集暴发病例脑脊液标本,用RD细胞进行分离病毒,阳性分离物采用中和试验及PCR序列分析确定其血清型别；RT-PCR扩增VP1基因全长,测定序列进行同源性及亲缘进化树分析。结果：13例细胞培养阳性分离物经中和试验及序列分析结果均为ECH06.随机选取4株病毒株进行VP1全基因序列分析显示:4个病毒株之间同源性＞99％；与山东病毒株E6/SD/sewage/081226/2-2同源性高于其他参考株。在遗传进化树上,4株分离病毒株同属一个分支,为C2亚型。结论：ECH06是引起本次福建省龙岩市长汀县儿童病毒性脑炎暴发的病原体,其基因型为C2亚型。

摘要： 目的：分析宁夏2004—2010年麻疹病毒流行情况及其基因特征，为消除麻疹提供技术支持。方法：采集宁夏2004—2010年198例麻疹病例的咽拭子和尿液标本283份，用B95a或Vero/Slam细胞进行麻疹病毒分离，毒株经病毒核酸提取、逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定和产物基因序列测定分析。结果：分离获得75株麻疹毒株，经基因序列分析显示74株为H1a基因型，1株为D9基因型。结论：宁夏2004—2010年流行麻疹病毒为Hla基因型，且为绝对优势基因型，D9基因型为2010年输入性病毒。

摘要： 目的：分析2010年宁夏回族自治区手足口病(Hand-Foot-and-Mouth Disease,HFMD)患者中肠道病毒71型(Enterovirus 71，EV71)分离株基因特征。方法：收集宁夏2010年手足口病患者粪便，咽拭子和疱疹液标本，进行病毒分离培养和real-time RT-PCR检测后，对鉴定为EV71毒株的VPl编码区进行核苷酸序列测定分析。结果：共收集各类标本994份，分离获得EV71 225株，对所有EV71毒株的VPI编码区基因进行序列测定，选择其中53株进行序列分析。宁夏分离株与A、B、C型基因型代表株核苷酸同源性分别为80.0～81.5％、82.4～84.7％和87.2～99.1％；氨基酸同源性分别为93.9～94.3％、96.3～97.6％和97.6～100％，与C4a亚型同源性最高为95.6～99.1，在系统发生树上，这53株毒株与C4基因型代表株聚为一簇，属于C4亚型中的C4a分支，而且提示至少存在4条病毒传播链。结论：2010年EV71的C4a亚型在宁夏有较广泛的流行，是宁夏流行的绝对优势基因亚型，其流行存在多条传播链。

摘要： 目的：调查宁夏鼠形动物体内巴尔通体的携带及自然感染情况,为宁夏鼠传疾病的预防和控制提供参考.rn 方法：选择不同地区和生境,采用鼠夹法捕获鼠类,进行分类鉴定,解剖鼠类,无菌采集肝脾组织,进行巴尔通体的枸橼酸合酶基因(gl tA)379bp片段扩增和菌体培养.rn 结果：从银川市、平罗、灵武、西吉、原州、泾原县共捕获鼠类233只19种,其中11种自然感染巴尔通体,分离出巴尔通体63株,鼠类感染巴士通体的阳性率为26.92％.其中野栖鼠类：阿拉善黄鼠自然感染率为45.45％,朝鲜姬鼠感染率为41.67％,黑线姬鼠感染率为35.56％,子午沙鼠感染率为34.62％,三趾跳鼠感染率为30％,长尾仓鼠感染率为25％,长爪沙鼠感染率为20％,洮州绒平感染率为13.64％,五趾跳鼠感染率为11.11％.但家栖鼠类：小家鼠自然感染率均为零.rn 结论：首次在宁夏鼠形动物中检出巴尔通体,野栖鼠类自然感染率较高.人群存在与外环境的鼠类接触感染发病的风险.

摘要： 本发明公开了一种基于基因组表观调控元件特征的复杂疾病易感基因的挖掘方法，收集待分析病症的已知易感基因，以及已知易感基因的所有表观调控元件信息；利用表观调控元件信息，根据基因组的物理位置对所有已知易感基因的启动子区域进行注释，采用富集分析的方法比对目标集合与参考集合，找出已知易感基因中显著富集的调控元件，进行已知易感基因表观调控元件的特征提取；根据提取出的表观调控元件特征进行反向预测，对所有已知易感基因重新进行打分，得到最终的判决结果。本发明将表观遗传学信息和基因组DNA序列信息有机结合，通过提取表观调控元件特征，从全局上预测疾病特征性易感基因，可显著提供发现新易感基因的功效。

摘要： 本发明公布了一种基于多来源基因数据库的基因相关特征融合预测方法，建立基于动态阈值的迭代随机森林方法，针对多来源基因数据库的特征基因集合进行计算，根据特征重要性的分布设定动态阈值，对基因数据进行全局优化，并生成不同的特征基因集合，通过融合不同来源的基因数据库及相应的不同特征基因集合，实现对基因相关特征的融合预测。使用本发明方法可实现对不同来源基因数据库、不同机器学习框架、多个特征基因集合进行融合预测计算，实现数据之间的协同，有效地提升基因相关特征预测的准确性。

摘要： 本发明提供了一种基于三体组的基因组特征来评估植物杂种的基因组构成的方法，涉及植物分子生物技术领域。本发明对植物杂种和其两个亲本分别进行流式细胞术测量基因组大小，再分别进行基因组survey测序得到30×以上的二代测序数据，最后对测序数据进行k‑mer分析、nQuire分析和Smudgeplot分析，综合比对多种结果评估植物杂种的基因组大小、倍性、杂合率、重复度等多种基因组构成信息。本发明所述方法不同于现有的植物基因组特征评估方法，充分借鉴了基因组组装种的三体组(trio)原理，在增加了植物杂种的两个亲本后，可以在多种证据相互验证的基础上更准确的评估植物杂种的基因组构成。

摘要： 本发明提供一种基于植物线粒体基因组特征的细胞质雄性不育(CMS)基因预测的方法及应用。具体地，本发明通过对植物线粒体基因组进行开放阅读框的预测，将预测结果与线粒体基因组基因进行比较分析，筛选出其中的嵌合体ORF，对嵌合体ORF进行跨膜结构域进行预测，然后通过数据挖掘的方法得到与CMS相关的嵌合体ORF，最后，通过实验验证了预测结果的可行性。

摘要： 本发明公开了一种基于基因组表观调控元件特征的复杂疾病易感基因的挖掘方法，收集待分析病症的已知易感基因，以及已知易感基因的所有表观调控元件信息；利用表观调控元件信息，根据基因组的物理位置对所有已知易感基因的启动子区域进行注释，采用富集分析的方法比对目标集合与参考集合，找出已知易感基因中显著富集的调控元件，进行已知易感基因表观调控元件的特征提取；根据提取出的表观调控元件特征进行反向预测，对所有已知易感基因重新进行打分，得到最终的判决结果。本发明将表观遗传学信息和基因组DNA序列信息有机结合，通过提取表观调控元件特征，从全局上预测疾病特征性易感基因，可显著提供发现新易感基因的功效。

摘要： 本申请涉及描绘肿瘤类型生物标志模式和特征集的基因靶和基因表达的蛋白靶。本文提供了用于鉴定个体用的治疗剂的方法和系统，诸如之前未鉴定用于治疗个体的治疗剂。所述治疗剂可通过分子概况分析来鉴定，诸如确定个体生物样品的生物标志模式或特征集。

摘要： 本文提供了用于鉴定个体用的治疗剂的方法和系统，诸如之前未鉴定用于治疗个体的治疗剂。所述治疗剂可通过分子概况分析来鉴定，诸如确定个体生物样品的生物标志模式或特征集。

摘要： 本发明涉及生物医学领域，涉及基于m6A特征基因的肝癌预后风险模型及其应用。本发明提供了一种基于m6A调控的可预测免疫和抗血管治疗疗效的新型肝癌预后风险模型，所述肝癌预后风险模型根据对B2M、LCAT、SMOX、TLL2DPH2的表达量的检测结果，预测肝癌患者的预后。

摘要： 本发明名为一种融合基因组特征的m6A甲基化局部功能谱分解方法，属表观转录组学及模式识别研究领域。本发明目标是融合基因组特征对RNA甲基化局部功能谱进行高精度的分解，揭示m6A甲基化的详细调控机制。基于矩阵分解中的独立成分分析(ICA)方法，对m6A甲基化位点对应的基因组特征进行融合，以便充分考虑极强相关m6A位点之间的关联性。最终利用基于负熵的估计方法对m6A位点参与的多个调控通路进行恢复，进一步挖掘出每个调控通路对应的敏感位点，实现对m6A甲基化局部功能的高精度谱分解。本发明提出的算法能够为湿地实验揭示m6A甲基化的调控机制提供有力的参考。

摘要： 本公开文本提供了鉴定适合于免疫肿瘤学(I‑O)疗法的受试者的方法，所述方法包括测量泛肿瘤炎症基因组套的一种或多种基因的表达。在一些方面，所述方法还包括向所述受试者施用I‑O疗法。在一些方面，所述I‑O疗法包括将抗PD‑1抗体或其抗原结合部分或者抗PD‑L1抗体或其抗原结合部分施用于所述受试者。