甘蔗TB1基因的克隆与生物信息学分析

摘要

以负调控禾本科植物分蘖的关键基因TB1为研究对象,根据水稻、玉米、高粱TB1同源基因保守序列设计引物,使用RT-PCR方法和RACE技术从甘蔗茎尖处克隆到该基因的同源基因Sc TB1.ScTB1 cDNA全长1 668 bp,包含274 bp的5'UTR,l 149 bp的CDS和245 bp的3 ' UTR.生物信息学分析表明该基因可编码382个氨基酸残基,编码产物含有保守的SP区、TCP区和R区,属于TCP家族转录因子.其分子量为40.7 ku,理论等电点为8.55,蛋白亚细胞定位预测其主要定位于细胞质.系统进化分析表明ScTB1属于CYC/TB1亚族蛋白,与高粱TB1和玉米TB1聚为一个亚类.根据序列的保守性和预测结果可推测Sc TB1很可能也参与了甘蔗分蘖性状的调控.