三七基因组SSR位点分析和多态性引物开发

摘要

本研究通过分析三七(Panax notoginseng)基因组中简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)位点信息,对基因组中SSR位点的分布特征进行描述,并开发多态性引物,为评价三七遗传多样性和群体结构提供理论依据.利用MISA软件对重新组装的三七基因组进行SSR位点搜索,primer3设计引物.用随机合成的200对引物,在16个三七单株中进行PCR扩增,来筛选具有多态性的引物.在去除冗余序列后组装得到2.39 Gb大小的三七基因组中总共识别到314060个SSR位点,SSR分布频率为0.13/kb,其中占主导地位的是二核苷酸重复基序,占所有重复基序类型的68.55％,其次是三核苷酸56250(17.91％)和单核苷酸22475(7.16％).在二核苷酸为主的重复类型中,出现频率最高的是AT/AT重复基序占所有二核苷酸重复的63.66％,最低的是CG/CG重复基序占0.15％.同时,在单核苷酸重复中出现频率最高的也是A/T重复类型(79.01％).经过多态性筛选最终得到41对多态性较好的引物,PIC值范围为0.11～0.78,平均值为0.46.本研究获得的大量SSR位点信息为三七全基因组SSR标记的开发,三七分子标记辅助育种以及遗传多样性分析提供方便.