应用hMeDIP-chip技术分析系统性红斑狼疮患者5-羟甲基胞嘧啶状态

摘要

目的研究SLE患者全基因组羟基化水平,寻找SLE患者与健康对照5-羟甲基胞嘧啶（5-hmC）水平差异显著的目的基因,作为SLE特异性生物标志物。方法应用hMeDIP-chip技术,分别检测SLE患者15例和健康对照组15名外周血的DNA 5-hmC状态。通过GO功能分析、pathway分析等分析方法对比分析,筛选出羟甲基化水平差异显著的目的基因,并用实时定量PCR技术验证hMeDIP-chip结果可靠性。结果 NanoDrop ND-1000和琼脂糖凝胶电泳证明所提的样本总DNA质量良好,可用于后续实验。与健康对照组相比,SLE患者在启动子区有1 701个5-hmC差异基因,其中884个上调,817个下调;在CPG岛有3 826个5-hmC差异基因,其中2 034个上调,1 792个下调。挑选3个差异最大的基因:TREX1、CDKN1A、CDKN1B进行讨论,并进行实时定量PCR验证实验,其结果与hMeDIP-chip结果相符,证明了hMeDIP-chip结果的可靠性。结论研究结果表明SLE患者的5-hmC状态有很大的变化,这些变化或许可以进一步揭示SLE的发病机制。这些新发现也表明了5-hmC可以作为SLE的潜在生物标志物和治疗靶点。