新型GⅡ.4诺如病毒重组株感染疫情的分子流行病学研究

摘要

目的分析老年护理院诺如病毒（norovirus,NoV）胃肠炎疫情流行病学特征及其所感染病毒的基因型别。方法 2013年1月29日,上海市金山区某老年护理院发生了一起由NoV感染引起的急性胃肠炎疫情,以26例患者作为研究对象,对其进行个案调查。采用单纯随机抽样方法,抽取未经治疗的9例患者,采集其粪便或肛拭子样本9份,再从中抽取4例患者,采集其病房门把手表面涂抹样本或马桶坐垫表面涂抹样本4份。运用荧光RT-PCR对样本进行NoV核酸检测,对核酸检测阳性的样本进行常规RT-PCR,对PCR产物进行纯化回收及测序,测序序列经核酸比对确认,应用Clustal X、MEGA 5.1等软件分析基因序列,构建系统进化树。结果在26例患者中,男性7例,女性19例。经荧光RT-PCR检测的13份样本中,NoV核酸阳性8份。序列比对分析结果显示,获得测序信号的Jinshan08、Jinshan12分离株间核苷酸序列同源性为100%。进化树分析结果显示,在RdRp区,Jinshan08、Jinshan12分离株与GⅡ.e/NV2634/BCN/Spain/2008株等在进化树的同一分支上,可信度为99%,在Capsid的N/S区,2分离株与Lordsdal株等在进化树的同一分支上,可信度为97%。结论本次疫情是由新GⅡ.4型NoV重组株感染引起的急性胃肠炎暴发疫情。