2011年广州从化地区诺如病毒感染的分子流行病学研究

摘要

目的 探讨广州从化地区诺如病毒分子流行病学特点,分析从化地区诺如病毒的基因型.方法 收集2011年1-12月从化地区腹泻患者标本218份,采用荧光RT-PCR对临床标本进行检测,同时针对诺如病毒ORF2基因区段设计引物,随机选取5株病毒进行ORF2基因序列测定.用ClustalW和MEGA5.0等软件进行序列特性分析和基因型分析.结果 218份临床标本中检测到38份阳性标本,检出率为17.43%.阳性率较高的月份为9、10、11、12月,全年最低检出率的时间为6、7月份(均为0),最高检出率的时间为11月份(32%).扩增了5株诺如病毒ORF2基因序列,序列分析发现与GenBank中GⅡ组诺如病毒的相似性为76%～98%,与GⅠ组为43%~55%,其中与GⅡ-4组Farmington Hills、Lorsdale、ShanghaiSH52009等株同源性为94%~98%,确认该5株诺如病毒属于GⅡ-4型.进一步的氨基酸序列分析发现与f亚型2006b新变株同源性为97%.结论 广州从化地区诺如病毒主要流行季节是冬季,克隆的5株诺如病毒属于GⅡ-4f 2006b型.2011年从化地区以GⅡ-4f 2006b新变异株为主要流行株.